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樊小龙教授课题组2016级博士生李玖一在Clinical Cancer Research杂志上发表文章
  遗传发育所  2019-09-29  浏览次数:

      2019年9月3日,樊小龙教授课题组2016级博士生李玖一以第一作者身份在中科院一区Top期刊Clinical Cancer Research (IF:8.911)上发表题为Individual Assignment of Adult Diffuse Gliomas Into the EM/PM Molecular Subtypes Using a TaqMan Low-Density Array(DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-19-0299)的研究论文,介绍了所研发的一款可进行胶质瘤个体化分子分型的诊断芯片。

 

      肿瘤的细胞学起源对其临床表型及治疗应答起着决定性作用。胶质瘤起源于自我更新的失控的中枢神经系统细胞,将胶质瘤的细胞学起源整合到其常规诊断中有望改善胶质瘤的风险评估能力,为遗传学变异驱动胶质瘤起源的机制研究及亚型特异的诊疗策略研究提供基础。目前临床广泛采用的胶质瘤基因组变异检测难以回答胶质瘤的细胞学起源问题。为弥补这一缺陷,基于胶质瘤起源与脑发育的保守性,樊小龙教授课题组应用系统生物学的思想,在胶质瘤转录组中筛选到了分别与EGFR、PDGFRA共表达的基因网络(EM、PM),并以此为基础,提出了胶质瘤的EM/PM分子分型(该成果已发表于PNAS)。在来自中国、美国及欧洲的所有表达数据集中,我们发现, EM/PM亚型均独立于形态学亚型诊断,且具有不同的细胞学起源。与EM亚型相比,PM亚型多发于青壮年,预后较好。EM及PM亚型由特异的遗传学变异所驱动,EM亚型不含IDH突变,而普遍携带7号染色体扩增/10号染色体丢失, 但PM亚型普遍携带IDH突变,且大约40% 的 PM亚型携带1p19q 联合缺失。为将大数据分析成果转化为临床诊断工具,在本项研究中,北京师范大学樊小龙教授课题组研发了EM/PM分子分型个体化诊断芯片及个体化分子诊断数学模型,利用北京市神经外科研究所江涛教授及瑞典哥德堡大学Helena Carén教授提供的回顾性样本,开展个体化分子分型检测。结果表明,该芯片可准确地对胶质瘤进行EM/PM分型。个体化诊断的EM或PM胶质瘤,在其发病年龄、预后及遗传学变异等重要指标均与数据库分析结果高度吻合。

 

      该成果为胶质瘤领域首个从大数据分析到个体化临床诊断技术转化的分子分型应用研究。EM/PM分子分型的临床应用,将提高临床对胶质瘤风险评估的准确性。若将各治疗方案选择性地与EM/PM分子亚型结合,可避免在“unselected”病人中盲目开展临床试验,降低临床实验失败的几率。EM/PM分子分型指导的基础研究,有望发现现有科学理念指导下无法发现的发病机制, 从而指导新型治疗策略的发现。

 

     本研究受国家自然科学基金项目81773015, 81472348 和 31711530156的资助。

 

原文链接:https://clincancerres.aacrjournals.org/content/early/2019/08/31/1078-0432.CCR-19-0299