2008年7月至今，北京师范大学生命科学学院，教授。

2003年8月至2008年6月，北京师范大学生命科学学院，副教授。

2001年11月至2003年8月，北京师范大学生命科学学院生态研究所，博士后研究。

2000年9月至2001年8月，法国图卢兹第三大学CESAC实验室，博士后。

1999年7月至2001年11月，中国科学院水生生物研究所，博士后研究。

1996年9月至1999年7月，武汉大学生命科学学院植物学专业，博士。

1993年9月至1996年7月，兰州大学生物学系细胞生物学专业，硕士。

1989年9月至1993年7月，河北大学生物学系微生物及生化专业，学士。

■生物统计方法的优化改进：进化、生态、单细胞转录组等方面的生物学数据中存在系统发育关系、空间关系等因素导致的非独立性现象，违背了很多普通统计模型最基本的前提假设，独立同分布。简单使用通用的统计方法会导致参数估计偏倚、误判统计显著性、增加假阳性等问题。针对生物学数据的特殊性，之前国外同行开发的Phylogenetic Independent Contrasts、Phylogenetic Generalized Least Squares和Phylogenetic Eigenvector Regression等系统发育比较方法仍然存在一定的问题，需要进行优化和改进。

■面对生物学数据特殊性的机器学习解决方案：很多机器学习、深度学习等复杂人工智能方法的基础模型也依赖于独立同分布的假设。如果没有针对性的改造，机器学习在生物学数据上的研究结果会出现高假阳性率等问题。本实验室的另一个努力方向是解决生物学数据和机器学习模型的匹配问题。

■微生物基因组进化，包括探究影响原核生物的CRISPR-Cas等防御系统进化的生理、生态和遗传因素。氧气、干旱等生境条件对基因组进化的影响，包括自由基对遗传物质的损伤、GC含量、密码子偏好、基因组大小等。

Research Article（研究性论文）

1. Liu Z.-L., Hu E.-Z., Niu D.-K. 2023. Investigating the relationship between CRISPR-Cas content and growth rate in bacteria. Microbiol Spectr 11:e03409-03422.

2. Hu EZ, Lan XR, Liu ZL, Gao J, Niu DK. A positive correlation between GC content and growth temperature in prokaryotes. BMC Genomics 2022; 23, 110.

3. Lan XR, Liu ZL, Niu DK. Precipitous increase of bacterial CRISPR-Cas abundance at around 45°C. Front Microbiol 2022; 13: 773114.

4. Ma MY, Xia J, Shu KX, Niu DK. Intron losses and gains in the nematodes. Biol Direct 2022; 17: 13.

5. Zhu T, Niu DK. Frequency of intron loss correlates with processed pseudogene abundance: a novel strategy to test the reverse transcriptase model of intron loss. BMC Biol. 2013; 11: 23.

6. Hou WR, Li M, Niu DK. Counting citations in texts rather than reference lists to improve the accuracy of assessing scientific contribution. BioEssays. 2011; 33: 724-7.

7. Niu DK, Hou WR, Li SW. mRNA-mediated intron losses: evidence from extraordinarily large exons. Mol Biol Evol. 2005; 22: 1475-81.

Comment（观点）

1. Niu DK, Jiang L. Can ENCODE tell us how much junk DNA we carry in our genome? Biochem Biophys Res Commun. 2013; 430: 1340-3

2. Niu DK. Protecting exons from deleterious R-loops: a potential advantage of having introns. Biol Direct. 2007; 2: 11.

3. Niu DK, Chen JK. Evolutionary advantages of cell specialization: Save and protect DNA. J Theor Biol. 1997; 187: 39-43.