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中国科学院数学与系统科学研究院朱天琪副研究员应邀做客BESS生态与进化论坛
    2021-05-13  浏览次数:

        2021年5月13日,北京师范大学生命科学学院生态与进化论坛系列讲座第十三讲在生态楼409召开。
       此次讲座由中国科学院数学与系统科学研究院副研究员朱天琪主讲,题目为“Maximum likelihood implementation of an isolation-with-migration model for testing gene flow”。首先,专家介绍了关于本次讲座的结构框架,即有关3s模型的假设,这个模型的用处和如何使用该模型。然后从检测基因流和溯祖模型出发,介绍了关于3s模型的假设以及一些其他假设。专家说,分析模型如果检验显著,则表明至少有一个方向的基因流。接着, 专家介绍了时间单位(Time Scaling),强调时间单位要考虑溯祖事件和迁移事件。并介绍了有关模型背后的马氏链(Markov Chain)过程原理。而后,专家介绍了采用最大似然法进行的假设检验,来验证是否存在我们关心的基因流,专家同时强调零模型(迁移事件不存在)是SIM3s模型的一种特殊形式。接着,专家介绍了该模型检验的表现形式,表明该模型一个显著的优点是对数据的分析速度极快,并介绍了类人猿的分析案例。专家也介绍了关于该模型的缺点和所做的一些改动,会产生更多的溯祖树。然后介绍了LRT的假阳性率和loci的关系图,并强调假阳性率越高,检出功效也越高,数据一定要带有外群。最后,专家介绍了3s模型的使用方法、3s数据组织方法及保证收敛和选择正确模型的数据分析技巧。本次讲座在专家与老师和学生们的激烈讨论中结束。


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