1949年1月31日，北平和平解放。5月，经校务会批准博物系改为生物系（西迁时），系主任郭毓彬。此时，生物系有一级教授武兆发，二级教授汪堃仁，三级教授郭毓彬。
　　1950－1952，张春霖教授任系主任。1952年，按政务院、教育部决定，进行院系调整。北京辅仁大学生物系和北京师范大学生物系合并，合并后生物系共有教授4人，副教授1人，讲师3人，助教13人。院系调整后汪堃仁教授任系主任。为增强师资力量，开设新教学计划课程，从北京大学生物系调入董愚得（提升为副教授），从清华大学调入乔曾鑑（提升为讲师）。调整后在原辅仁大学生物系原址内进行教学工作，当时设有无脊椎、脊椎、细菌、人体生理、生物化学、组织胚胎、植物形态、植物分类、切片技术等实验室和动、植物标本室。调整后充实了仪器标本，拥有相当数量的显微镜和大型离心机等。此外，还有大量的矿石标本和动植物标本，以及人体解剖模型等。
　　院系调整后，修订与调整了教学计划，当时全面向苏联学习，基本上按当时苏联土壤生物系的教学计划进行教学。取消学分制，改为学时制，将公共必修的英文课改为俄文课，增加了米丘林生物学和人体解剖学，取消了比较解剖学，将植物分类、植物形态合并成植物学（一）和植物学（二），将无脊椎动物学和脊椎动物学合并称动物学（一）和动物学（二），将组织学和胚胎学合并成组织胚胎学，开设植物生理及微生物学、生物教学法、人体及动物生理学等课程，并将动植物标本采集改为野外实习，固定于教学计划中，一年级到海滨，进行无脊椎动物及低等植物实习；二年级上山，进行脊椎动物及高等植物实习。在学生管理上，实行了兼职辅导员制。

　　这期间，聘请了苏联专家金娜、杜伯洛维娜和谢孔等来系作专职教授，选送王玢、孙儒泳、姜在阶和董悌忱到苏联留学。开始在城外筹建生物园（即现在系址及生物园址），在谢孔专家指导下按当时苏联大学生物系模式建立生物园，作为生物系教学与科研基地，征购土地100余亩，进一步完善了生物园暖房。招收动物研究生班和生理研究班，聘请昆虫学家朱弘复、邓国锠，电生理学家、美籍加拿大人霍德，药理学家雷海鹏等兼职教授来系讲课。教育部主持并由我校主编的课程教学大纲，有生物化学（鲁宝重教授主编），农业基础（谢孔主编）和生理学（汪堃仁主编）三门。1958年，生物系由城内迁到生物园，办公室在服务楼三楼，动物实验室在数学楼，生理实验室在生物园平房。